这是人类失去了制海权的世界。蹂躏着大海的威胁，就是那「深海栖舰」。可以与这些威胁对抗的只有，被称为「舰娘」的拥有着往昔舰艇的灵魂的女孩子们——。与深海栖舰进行对抗的舰队据点，「镇守府」。在那里聚集着多种多彩的舰娘。同时，镇守府是舰娘们通过一日一日的演习等互相切磋琢磨技艺、共同生活着的地方。于某一日，在这镇守府，一位舰娘到任了。她是，特型驱逐舰—。其名为「吹雪」。「我叫吹雪！请多指教！」吹雪的，以及舰娘们的故事，现在开始了。