为了保护日本的和平与安全免受神秘的巨型怪物的侵害新干线超进化研究所开发的“新干线变计机器人Shinkalion”。超进化研究所秘密着手开发新型机器人“神卡利翁Z”，为新敌人的入侵做准备。以高准确率成为“神卡利翁Z”司机的孩子们与实验室工作人员联手，迎接重新出现的巨型怪物！未知敌人的出现——。还有两个男孩的相遇。Shinkalion的进一步进化开始了！！！！！